NanoClient

NanoClient "opakowuje" program Abinit, umożliwiając dokonywanie symulacji struktur nanocząsteczek. Ponadto udostępnia graficzny interfejs, za pomocą którego można wykonywać, organizować i wizualizować wyniki eksperymentów obliczeniowych. Umożliwia także dostęp do poszczególnych symulacyjnych programów naukowych poprzez sieć. Każda wykonana symulacja może być przechowywana jako osobny przypadek (case), bądź też można tworzyć grupy podobnych przypadków.

Aplikacja posiada dwa widoki, wylistowane poniżej.

Okno Managera Case'ów

Trzy części Okna Managera Case'ówTrzy części Okna Managera Case'ów

Widok ten jest wyświetlony jako domyślny po otwarciu aplikacji.

Składa się on z trzech części:

1. Panel przycisków

Po zaznaczeniu case'a bądź też grupy case'ów na liście case'ów można użyć poniższych przycisków:

2. Lista case'ów

Zawiera listę wszystkich utworzonych case'ów. Dostarcza informcje nt. nazwy case'a, czasu zatwierdzenia, czasu zakończenia i statusu case'a. Status case'a może być następujący:

3. Szczegóły zaznaczonego case'a

Po zaznaczeniu grupy case'ów lub pojedynczego case'a, wszystkie dostępne informacje są wyświetlane w tym panelu.

Okno Symulacji

Sześć części Okna Symulacji.Sześć części Okna Symulacji.

Widok ten jest wyświetlany po kliknięciu na jeden z przycisków dostępnych w Oknie Manager'a (poza przyciskiem Delete). Aby powrócić do widoku Okna Manager'a należy kliknąć na przycisk <<Back to case list, który znajduje się w lewym górnym rogu okna.

Okno symulacji składa się z sześciu części:

Obszar wyświetlania poszczególnych części może być zmieniony przez użytkownika przy pomocy suwaków umieszczonych pomiędzy panelami.

Panel przycisków

Panel ten zawiera cztery przyciski:

Formularz case'a

W panelu tym użytkownik może zdefiniować podstawowe parametry krystalograficzne rozpatrywanego systemu oraz parametry tworzonego przebiegu (run).

Nazwy wszystkich parametrów są samotłumaczące i nie wymagają osobnego omówienia.

W trybie zaawansowanym (Advanced mode) użytkownik musi podać poprawny plik wejściowy Abinit.

Panel ten posiada ponadto dwa przyciski:

UWAGA!!!
Należy pamiętać o załadowaniu odpowiednich plików z pseudopotencjałami (lub wybraniu ich z dostępnej bazy danych). Każdy atom, który został zdefiniowany w case'ie, musi mieć przypisany jeden plik z pseudopotencjałami, który będzie zgodny z danym atomem. Dzięki temu złożone systemy (takie jak jądra i główne elektrony atomu razem wzięte) mogą być traktowane jako efektywny pseudopotencjał (effective pseudopotential).
W przypadku gdy nie zostanie przypisany plik z pseudopotencjałami, zostanie wyświetlone odpowiednie ostrzeżenie.
Na rys.2 zostało przedstawione przykładowe okno z wyszukiwarką plików pseudopotencjałów (Pseudopotential Files Browser). Aby przypisać plik do atomu, wpierw należy zaznaczyć odpowiedni atom na górnej liście, a następnie z dolnej listy wybrać odpowiedni plik.

Przykładowe okno wyszukiwarki plików z pseudopotencjałamiPrzykładowe okno wyszukiwarki plików z pseudopotencjałami

Panel parametrów i wyników zbiorów

Po zdefiniowaniu zbioru parametrów, można zdefiniować kolejne zbiory, które będą rozwiązywane równolegle. W momencie gdy cały eksperyment jest już gotowy (wszystkie zbiory są zdefiniowane), może zostać wysłany do urządzeń pośredniczących typu grid, kontrolujących zdalnie klastry obliczeniowe.

Panel ten zawiera trzy przyciski:

W tabeli, która znajduje się pod wspomnianymi przyciskami, można śledzić wszystkie symulacje w czasie wykonywania eksperymentu poprzez sprawdzanie paska postępu, statusu i częściowych wyników. Istnieje także możliwość anulowania poszczególnego taska poprzez naciśnięcie przycisku Cancel znajdującego się obok taska.

Panel rezultatów poszczególnego zbioru

W tym panelu użytkownik może zobaczyć wygenerowane rezultaty, zaraz po wykonaniu każdego zadania.

Panel ten zawiera następujące elementy:

Przykład wykresu wizualizacyjnego.Przykład wykresu wizualizacyjnego.

Panel rezultatów całego case'a

W panelu tym są prezentowane wykresy energii całkowitych wszystkich zbiorów wejściowych. W momencie gdy eksperyment jest zakończony, a wykres jest narysowany, użytkownik może wydrukować go albo zapisać go do pliku.

Panel wyszukiwania case'ów

Wszystkie zbiory parametrów i odpowiadające im zadania (job) wraz z rezultatami, są przechowywane jako case'y do późniejszego użycia. Funkcjonalność ta pozwala użytkownikom na rozpoczynanie lub ponowne zatwierdzanie długich (czasowo) obliczeń poprzez portal, obserwowanie postępu co jakiś czas, oglądanie rezultatów zakończonych eksperymentów i ponowne używanie wcześniej zdefiniowanych eksperymentów (np. ze zmianą kilku parametrów). Aby szybko wyszukać konkretny przypadek należy użyć panelu wyszukiwania case'ów. Należy w nim zdefiniować słowa kluczowe case'a, słowa kluczowe parametrów i nacisnąć przycisk Case search.