Okno Symulacji

  • user warning: Table 'variable' is marked as crashed and should be repaired query: UPDATE variable SET value = 's:1:\"1\";' WHERE name = 'image_gallery_nav_vocabulary' in /var/www/vinetoolkit.org/includes/bootstrap.inc on line 609.
  • user warning: Table 'variable' is marked as crashed and should be repaired query: UPDATE variable SET value = 'a:1:{i:0;s:13:\"primary-links\";}' WHERE name = 'menu_expanded' in /var/www/vinetoolkit.org/includes/bootstrap.inc on line 609.

Sześć części Okna Symulacji.Sześć części Okna Symulacji.

Widok ten jest wyświetlany po kliknięciu na jeden z przycisków dostępnych w Oknie Manager'a (poza przyciskiem Delete). Aby powrócić do widoku Okna Manager'a należy kliknąć na przycisk <<Back to case list, który znajduje się w lewym górnym rogu okna.

Okno symulacji składa się z sześciu części:

  • Panelu przycisków (nr 1)
  • Formularza case'a (nr 2)
  • Panelu parametrów i wyników zbiorów (nr 3)
  • Panelu rezultatów poszczególnego zbioru (nr 4)
  • Panelu rezultatów całego case'a (nr 5)
  • Panelu wyszukiwania case'ów (nr 6)

Obszar wyświetlania poszczególnych części może być zmieniony przez użytkownika przy pomocy suwaków umieszczonych pomiędzy panelami.

Panel przycisków

Panel ten zawiera cztery przyciski:

  • <<Back to case list - przełącza widok na Okno Managera Case'ów
  • Create copy - tworzy kopię case'a, który jest wyświetlany
  • Create new - kopiuje nazwę, nazwę grupy i parametry wyświetlanego case'a, natomiast taski (zadania) są pomijane (tworzony jest pusty case)
  • Advanced mode - wyświetla komponent text area zamiast Formularza case'a, w który plik wejściowy Abinit'a może zostać wklejony. Po kliknięciu w ten przycisk jego etykieta zmieni się na Form mode.

Formularz case'a

W panelu tym użytkownik może zdefiniować podstawowe parametry krystalograficzne rozpatrywanego systemu oraz parametry tworzonego przebiegu (run).

Nazwy wszystkich parametrów są samotłumaczące i nie wymagają osobnego omówienia.

W trybie zaawansowanym (Advanced mode) użytkownik musi podać poprawny plik wejściowy Abinit.

Panel ten posiada ponadto dwa przyciski:

  • Add set - po kliknięciu tego przyciski wszystkie parametry jednego zadania Abinit zostają zapamiętane i przechowane. W przypadku gdy więcej zbiorów jest definiowanych, są obliczane równolegle,
  • Update set - aktualizuje wcześniej zdefiniowany zbiór.

UWAGA!!!
Należy pamiętać o załadowaniu odpowiednich plików z pseudopotencjałami (lub wybraniu ich z dostępnej bazy danych). Każdy atom, który został zdefiniowany w case'ie, musi mieć przypisany jeden plik z pseudopotencjałami, który będzie zgodny z danym atomem. Dzięki temu złożone systemy (takie jak jądra i główne elektrony atomu razem wzięte) mogą być traktowane jako efektywny pseudopotencjał (effective pseudopotential).
W przypadku gdy nie zostanie przypisany plik z pseudopotencjałami, zostanie wyświetlone odpowiednie ostrzeżenie.
Na rys.2 zostało przedstawione przykładowe okno z wyszukiwarką plików pseudopotencjałów (Pseudopotential Files Browser). Aby przypisać plik do atomu, wpierw należy zaznaczyć odpowiedni atom na górnej liście, a następnie z dolnej listy wybrać odpowiedni plik.

Przykładowe okno wyszukiwarki plików z pseudopotencjałamiPrzykładowe okno wyszukiwarki plików z pseudopotencjałami

Panel parametrów i wyników zbiorów

Po zdefiniowaniu zbioru parametrów, można zdefiniować kolejne zbiory, które będą rozwiązywane równolegle. W momencie gdy cały eksperyment jest już gotowy (wszystkie zbiory są zdefiniowane), może zostać wysłany do urządzeń pośredniczących typu grid, kontrolujących zdalnie klastry obliczeniowe.

Panel ten zawiera trzy przyciski:

  • Submit case - zatwierdza całego case'a (wszystkie zdefiniowane zbiory) do grida,
  • Submit case to QE - zatwierdza całego case'a do grida przy pomocy dynamicznych konwersji wszystkich plików wejściowych/wyjściowych tasków do/z formatu Quantum Espresso,
  • Cancel case - anuluje case'a (wszystkie oczekujące taski również są anulowane).

W tabeli, która znajduje się pod wspomnianymi przyciskami, można śledzić wszystkie symulacje w czasie wykonywania eksperymentu poprzez sprawdzanie paska postępu, statusu i częściowych wyników. Istnieje także możliwość anulowania poszczególnego taska poprzez naciśnięcie przycisku Cancel znajdującego się obok taska.

Panel rezultatów poszczególnego zbioru

W tym panelu użytkownik może zobaczyć wygenerowane rezultaty, zaraz po wykonaniu każdego zadania.

Panel ten zawiera następujące elementy:

  • Download results/visualization files - wszystkie pliki wyjściowe Abinita są przechowywane w repozytorium Vine'a. Przycisk ten pozwala użytkownikowi na dostęp do wspomnianych plików,
  • Show visualization chart - obliczone funkcje całkowitej gęstości stanów elektronicznych mogą zostać przedstawione w postaci wykresów liniowych. Możliwe jest wyświetlanie wielu serii danych pochodzących z różnych tasków na tym samym wykresie. Wyświetlony wykres może być dynamicznie przycinany i powiększany. Ponadto dodatkowe wartości, takie jak energia Fermiego, mogą być zaznaczone na wykresie (pod warunkiem, że wartości te zostały obliczone w badanym case'ie). Przykład omawianego wykresy został przedstawiony na rys.3.
  • wykres Relative difference of total energy - wykres ten jest pomocniczym narzędziem, które prezentuje relatywne różnice pomiędzy kolejnymi iteracjami obliczeń. W przypadku gdy użytkownik zauważy iż różnice te nie zbiegają się podczas wykonania eksperymentu, może zadecydować o przerwaniu wykonywania odpowiedniego taska w celu zaoszczędzenia mocy obliczeniowej.
  • Details - szczegóły wykonanego eksperymentu.

Przykład wykresu wizualizacyjnego.Przykład wykresu wizualizacyjnego.

Panel rezultatów całego case'a

W panelu tym są prezentowane wykresy energii całkowitych wszystkich zbiorów wejściowych. W momencie gdy eksperyment jest zakończony, a wykres jest narysowany, użytkownik może wydrukować go albo zapisać go do pliku.

Panel wyszukiwania case'ów

Wszystkie zbiory parametrów i odpowiadające im zadania (job) wraz z rezultatami, są przechowywane jako case'y do późniejszego użycia. Funkcjonalność ta pozwala użytkownikom na rozpoczynanie lub ponowne zatwierdzanie długich (czasowo) obliczeń poprzez portal, obserwowanie postępu co jakiś czas, oglądanie rezultatów zakończonych eksperymentów i ponowne używanie wcześniej zdefiniowanych eksperymentów (np. ze zmianą kilku parametrów). Aby szybko wyszukać konkretny przypadek należy użyć panelu wyszukiwania case'ów. Należy w nim zdefiniować słowa kluczowe case'a, słowa kluczowe parametrów i nacisnąć przycisk Case search.